明太祖洪武六年（1373年），廢劍州附廓之普安縣（今劍閣縣），轄區歸劍州知州直接管轄。九年（1376年），又廢劍州，州本轄地劃歸梓潼縣。

十年

（1373年），又

撤江油縣建制，轄地亦劃歸梓潼縣。

十三年（1380年），於普安鎮復置劍州，於興教鎮復置江油縣。

三縣經過此次合併析分，加之析分時又是以戶籍定地籍的，就形成了三縣境域犬牙交錯的局面！梓潼縣域被江油切割成南北兩片，又有零零星星的飛地插在江油和劍州兩縣腹地，江油、劍州亦有零星飛地插入梓潼縣域腹地。

梓潼在江油縣城武都鎮（1953年，江油縣城南遷至中壩鎮）近郊的竇團山下，轄有河口壩（今江油永勝鎮）、牌坊壩、塔（樓）子壩、魏家壩（重華鄉十八保）等6個牌；在黎雅鎮東北有何家寺等2塊飛地；在今江油市青林口東北亦有一塊飛地。

梓潼縣在劍州的王河境內轄有土地院、檬子坪兩個牌（紹家溝、陳家溝、平樂溝）。

江油縣境本在梓潼之西，卻有飛地插在梓潼縣城之東，在城東三十里的三合壩（今梓潼自強鎮）轄有五個牌。

劍州亦在梓潼縣的石臺境內轄有七回水一個保。

更為離奇的是，重華鎮竟成了梓潼、江油、劍州、綿州四州縣共管的場鎮。梓潼在重華場鎮轄有兩個保，江油轄有1個保，劍州武連驛轄有10戶，綿州北鄉的柏林河轄有4戶。

1949年12月梓潼解放後。為解決歷史遺留下來的轄區犬牙交錯、互相插花的問題。四川省與梓潼、江油、劍閣、綿陽四縣協商後。1953年1月，對四縣區劃進行了以下調整：

A、梓潼縣劃出第三區之重華、文勝、青龍（今馬閣壩、二郎廟）、青壽（今厚壩、青林）4鄉58村，以及第二區黎雅鄉所轄瓦子埡3個村，共4鄉61村歸江油縣管轄。

B、梓潼縣劃出第一區雙峰鄉的鑼響壩歸綿陽縣（今遊仙區）管轄。

C、江油縣劃出第六區之金龍、仙鵝、龍鳳、黎雅、向陽（今白雲）、雙板、金寶、天寶、大安等9鄉45村及統馭鄉（今江油河口鎮）的新華村和中和鄉的第6村共9鄉47村入隸梓潼縣。

因劃入、劃出差距較大，梓潼縣向四川省和綿陽專區提交報告：“劃出過多，將減低我縣地方財政收入，勢必收入不敷支出，很難做到以縣養縣”。

經四川省協調，於1953年8月，又對區劃進行了第二次調整：

D、將劍閣縣所轄之第五區的仁和、觀龍、寶石、二洞、文興、大新共6鄉42村全部劃入梓潼。

經過此次大的調整，基本解決四縣轄區犬牙交錯、互相插花的歷史遺留問題。

1954年12月12日，又劃劍閣縣開封區馬迎鄉歸梓潼縣管轄。

1955年12月29日，劍閣縣再次劃建興鄉給梓潼縣管轄。至此，梓潼縣現代境域基本形成。