元時，蒙古族與白族的關係頗為複雜，既有相互依存，又有兵戈相見。

公元1253年，忽必烈徵大理，行師在途時即兩次遣使招降大理均未果，且使臣被殺，懸屍於樹。大理城破後，權相高祥被殺，大理王段興智被俘於昆澤（宜良）。後段興智與其叔段福降於兀良合臺。公元1255年，段興智被蒙哥賜以金符（相當於千戶），命其還大理與兀良合臺等共同安輯大理。次年，段興智向蒙哥獻大理地圖，並呈報攻取各部落及加強統治的策略，正好符合元蒙統治者利益，被蒙哥賜予“摩訶羅磋”（大王）梵文稱號。讓其統管大理各族部落。

降元蒙後，段興智與段福率以白族為主的大理軍隊—“囊英軍”，隨兀良合臺繼續攻打未歸降部落。公元1258年，兀良合臺只率“四王”精兵300（）人及大量徵發的“瑟英軍”參加了攻南宋的“桂林之圍”“潭州之役”，長途征戰中死傷無數。

公元1260年，元蒙統治者對段實（信直日）“賜以虎符，詔領大理、善闡、威楚（楚雄）、統失（姚安）、會川（會理）、建昌（西昌）、騰越（騰衝）等城，自萬戶以下皆受其節制’，①。由於殘酷的政治統治及經濟剝削，舍利畏帶領滇中、滇東廣大地區人民起義，以反抗蒙古貴族和大理白族封建主的殘酷剝削和民族壓迫。段氏受命，瘋狂鎮壓了起義，此時段氏與蒙古統治者的關係較緊密，相互依存。

賽典赤人滇，雲南行省建立後，取消軍事管制，置郡縣，署令長，統有三十七路，段氏被封為大理路總管（有元一代，段氏世襲大理路總管凡十一世），權力大大削弱。I‘s焚軍”過去主要由段氏統領，行省建立後，賽典赤之子納速刺丁任雲南諸路宣慰使都元帥，遇有徵伐，段氏等土官也隨軍出征，但要服從行省官員調遣。後納速刺丁遷居大理，內中含有對段氏監視之意。後行省將省治由大理遷中慶（昆明），擺脫了段氏對行省政治、經濟、文化等方面的影響②，這是蒙、白統治階級關係發展的第二個階段，即部分依靠其統治雲南，但削弱權力。忽必烈為了控制行省權力的擴大，自忽哥赤後，於公元1280年，派也先帖木兒（忽哥赤之子）為雲南王，公元1290年，又首封皇孫甘麻刺為梁王，雲南王鎮大理，梁王管轄全省，其代表皇帝統治雲南，他們可以干預行省事務，而行省則無權干預梁王。行省、諸王之間產生了矛盾和鬥爭。此時期，大理段氏勢力日愈雄厚，以羅那關（今牟定縣西）為界，分地而治，進行割據。

公元1309年，忽必烈第六子奧魯赤之子老的（罕）任雲南王，代梁王鎮雲南，老的派兵徵段氏，殺了羅那關守將，因故未再繼續進兵。此後，形成了梁王專制於滇東，段氏割據於滇西，行省形同虛設的局面。從此，段氏與梁王在雲南不斷地發動你爭我奪的戰爭，給各族人民帶來了無窮的災難。

元末，紅巾軍起義的聲威震撼全國。公元1363年，紅巾軍一部攻人云南，各族人民紛紛響應，梁王及行省官員逃往楚雄，紅巾軍人中慶（昆明），很快就控制了滇東地區大部。元梁王在雲南的統治處於風雨飄搖之中。為了統治階級共同的利益，段氏又和梁王聯合起來鎮壓紅巾軍。段功以此升雲南行省平章政事，梁王為了籠絡段功，將女兒阿桂嫁給了段功。因怕其勢力再從滇西擴充套件到滇東，梁王設計殺害了段功。之後，梁王曾七次派兵攻打大理，以致民不聊生，民眾紛紛起義。約於公元1377年，人民起義再興，段功之子又與梁王再次聯合鎮壓起義軍。段寶被封為“武定公”。之後，明軍徵雲南，段氏拒絕明軍招撫，擬割據，於公元1381年被明軍平定①。段氏及一部分蒙古貴族被遷至北方安置，歷時一百餘年，錯綜複雜的蒙、白貴族之間的關係至此結束。

明、清以來，生活於通海一帶的蒙古族曾與當地白族交流往來，在今興濛濛古族語言中有關專家認為仍殘留有白語的痕跡（詳見語言部分）。據民國夏光南先生著《元代雲南史地叢考》雲：居路南（今石林）之元武德將軍普魯海牙後裔（易姓楊）與“大理太和一支血統相同……大抵漢（白）蒙共處，其風教言語已同化無遺，所留者相傳之家乘而已”②。這就是石林楊姓中一直相傳：其人滇始祖有一弟名普魯海玉居大理之原由。