第一次反對奧斯曼帝國的塞爾維亞起義於1804年2月爆發，起義軍最終在決戰中失敗。土耳其軍隊首領下令把塞爾維亞起義軍陣亡將士的頭顱砍下，把棉花塞進剝下的頭皮裡，然後送往奧斯曼帝國，給蘇丹馬哈茂德二世邀功請賞。頭骨被送回尼什（Niš），奧斯曼帝國人在那裡建造了頭骨塔，以警告那些正在考慮叛亂的非穆斯林居民。該結構高4。5米。它最初由952個頭骨組成，四面14行嵌入。

自1878年奧斯曼帝國撤離尼什（Niš）後，皇家塞爾維亞軍隊（Royal Serbian Army）開始搜尋該城鎮及其周圍地區，以尋找失蹤的頭骨。發現一些被埋葬；一個被發現的塔壁深處嵌入並送至國家博物館在貝爾格萊德。接下來是屋頂baldachin的建造，並用十字架將其封頂。教堂的地基由建築師Dimitrije T。 Leko設計，於1894年被奉獻。1904年，靠近教堂的一塊牌匾寫著：“致科索沃之後的第一批塞爾維亞解放者。” 小教堂於1937年進行了翻新，第二年又增添了Sinđelić的半身像。1948年，頭骨塔及其周圍的小教堂被宣佈為極為重要的文化古蹟，並受到塞爾維亞社會主義共和國的保護。1989年再次進行了小教堂的翻新。截至2014年，塔樓牆壁上仍埋有58個頭骨。