申時行是《萬曆十五年》中最意味深長的人，他的“慰藉而不立崖異”，成為當時政壇中的“和事佬”。但就當時的政治環境，對於申時行來說，是最好的為政之道。張居正被抄家的呼聲遠沒散去，子孫的流放還沒有走遠，使他不寒而慄。在政治漩渦中，他如履薄冰，如臨深淵。

申時行做首輔也是不得已而為之。他是萬曆皇帝的老師之一，本列大學士之末，但張居正死後，張思維繼任不久，就離職丁憂並一病不起，資深望重的其他兩個大學士也相繼病死，命運把這個資歷最淺的大學士，推到了歷史的最前面。

身為首席大學士和經筵監督者的申時行，非常敬業，若發現皇帝出現倦容或講官失言、其他官員失禮，他都引咎自責。如果皇帝說他的問題在腳癢，申時行就一定相信問題在腳癢；如果皇帝感覺早朝太早起不來，他就把早朝和經筵的時間推遲一下；有人在冊立太子上摺子時寫上他的名字，他就偷偷地再上一道摺子跟皇帝解釋……因此得一個首鼠兩端的名聲。申時行懂得進退，沒有過硬的能力，只懂為官之道。雖然沒有明顯的功績，但靠著“打太極拳”，左右逢源，在官場順風順水。

他深知文官階層和皇帝之間的微妙關係，也洞悉國家體制內道德的至高無上，以倫理道德作為官員的標準，以和事佬的形象贏得文官的尊敬，這樣也加重了他在皇帝眼中的分量。這看似和諧的君臣關係，卻危機暗生，使他確實意識到國家的最大問題就在文官身上。

有兩年多，申時行感覺有一個政治上的黑箍，套在他的頭上，使他的大兒子不能參加會試，他的兒女親家，被迫去職。再加上高啟愚一案，把他推到懸崖邊上。幸虧萬曆皇帝識破文官集團的陰謀，才使申時行站穩腳跟。但事後，他對打擊他的人卻既往不咎，穩定了文官集團的情緒，也穩定了他自己的地位。同時趁和萬曆皇帝關係越來越好之際，讓皇帝放棄了訓練宦官軍隊的做法，又剝奪了皇帝的一個喜好。

申時行用外交的手段處理內政，處理多變關係，對不同力量的鬥爭，他時刻保持著平衡。他調停皇帝和文官集團之間的衝突，反對他的人仍稱他妥協、放棄原則，但他我行我素，用恕道待人，鼓勵誠信。“怠政“”後萬曆皇帝不再參加經筵，對各種告訐、爭論和答辯不再感興趣，他已經放棄了僅有的一點誠意，君臣關係又陷入危機之中。