很多人都相信，革新派的光緒皇帝和作為守舊派的慈禧之間不僅在如何對待改良運動上的看法不一致，而且也毫無親情可言。也有很多人相信，光緒皇帝就是慈禧親自下令毒死的（光緒皇帝究竟是被誰毒死的目前尚無史料支援）。

但在真實的歷史上，光緒皇帝和慈禧太后之間的關係可能並不像人們想象的那樣緊張並充滿火藥味兒。首先從血緣角度上來說，光緒皇帝是慈禧親妹妹的孩子，也就是他自己的親外甥，也是她自己的親侄子。光緒過繼給慈禧後，慈禧對待光緒也是形同己出。據《光緒朝東華錄》當中記載稱：“我日書方紙課皇帝識字，口授讀四書詩經，我愛憐惟恐不至”。在這一段歲月裡，光緒和慈禧如同真正的母子一般生活。

慈禧或許是想效仿當年孝莊皇太后，也教育出聖祖康熙。慈禧自己說過“可憐天下父母心”一句話，說明她心裡是想好好栽培光緒的。

很多人說慈禧貪戀權力，慈禧一個女人，雖然掌握權力，但是總不能一直都自己拿著，她肯定想把權力還給光緒。實際上慈禧並沒有把光緒當成傀儡，在光緒十三歲時慈禧就已經讓他提前實習政務了，對於大臣們呈交上來的奏摺，慈禧會先讓光緒看上一遍後給出自己的看法，再給出自己的處理意見，告訴皇帝為什麼要這樣決策的道理所在，同時還試著讓光緒在奏摺上批閱回答。可以說在政治這方面，慈禧是真心實意的希望把光緒培養成一代明君。

只是後來光緒的發展，遠遠低於自己的預料。光緒帝發動維新變法運動，一百天內出臺了無數的新政，涉及範圍之廣，令人瞠目結舌。自己的老師翁同龢因為反對光緒帝激進的改革被革職，一天之內，僅僅京城就裁減逃脫冗員一萬多人，由此可見，光緒皇帝改革之激烈。

慈禧太后看見光緒皇帝如此大刀闊斧的改革，書生意氣，無疑是加速清王朝的滅亡，慈禧也深知如果任由光緒皇帝改革，清朝的非但不會枯木逢春，反而會加速死亡。而且慈禧太后聽聞光緒企圖“圍園殺後”奪權，痛心疾首，也失望透頂，迅速發動政變一舉奪權。

權力鬥爭，都是你死我活的，一旦出現間隙，就很難在彌補了。戊戌政變後，即使慈禧太后想把權力移交給光緒，清朝的大臣也不會同意的，害怕光緒掌權後追究他們的責任。慈禧也不能把光緒給換掉，因為帝國列強一向對光緒示好，支援維新，公開反對慈禧親政。這就是慈禧最終對光緒只囚不廢的根本原因。