據《禮記》記載：“夏后氏官百，天子有三公、九卿、二十七大夫、八十一元士。”“設四輔及三公，不必備，惟其人。言使能也。”可見，夏朝時期已經設立三公九卿之職。然而，“三公九卿”具體為何職位，眾說不一。

西漢今文經學家認為，

《禮記》所載“三公”指司馬、司徒、司空；古文經學家則認為太傅、太師、太保為“三公”

。秦朝變革官制，不設三公。“置左右丞相，無三公官。”又設太尉管理軍事、御史大夫（掌邦國刑憲、典章之政令，以肅正朝列），為丞相副手。因為秦代最高職位有三，

後人遂把“丞相”、“太尉”、“御史大夫”並稱“三公”

。

具體而言：丞相，最高行政長官，輔助皇帝處理政務，同時負責對文武百官的管理。太尉，最高軍政長官，負責管理全國軍事事務，但他平時沒有軍權，戰時也要聽從皇帝的命令，而且要有皇帝的符節才能調動軍隊，軍權實際上也是掌握在皇帝手裡。御史大夫，執掌全臣奏章，下達皇帝詔令，負責監察百官的。也是副丞相。

秦漢時期，在這三大職位下設“九卿”，作為中央行政機關分掌具體事務，如祭祀、禮儀、軍事、行政、司法、文化教育等。

其中包括：1.奉常，掌管宗廟禮儀，地位很高，屬九卿之首。2.郎中令，掌管宮殿警衛。3.衛尉，掌管宮門警衛。4.太僕，掌管宮廷御馬和國家馬政。5.廷尉，掌管司法審判。6.典客，掌管外交和民族事務。7.宗正，掌管皇族、宗室事務。8.治粟內史，掌管租稅錢穀和財政收支。9.少府，掌管專供皇室需用的山海池澤之稅

。

隨朝代的更替，“三公九卿”又有不同所指。如東漢確立大司馬、大司空和丞相為鼎足而立的三公制；宋代以後，則稱太師、太傅、太保為三公。東漢時的九卿為太常、光祿勳、衛尉、太僕、廷尉、大鴻臚、宗正、大司農、少府。到了明清時期，九卿則改為吏、戶、禮、兵、刑、工六部尚書，以及都御史、大理寺卿、通政司使。以前的九卿之官己成虛銜或加官、贈官。