隆慶六年五月，明穆宗病死在乾清宮，六月十日朱翊鈞登基即位，為明神宗，年號定為“萬曆”，所以人們都稱他萬曆皇帝。當時萬曆是個年僅10歲的小娃娃，儘管他聰明伶俐，對朝廷大事什麼也不懂。有個大學士叫張居正，深得明穆宗的信任，萬曆上臺一個月，在他母親支援下，讓張居正當了內閣首輔，由他和另外兩位大臣輔佐小皇帝。張居正是位精明能幹的政治家。他掌了實權後，在軍事、政治、經濟諸方面，都大刀闊斧地進行一番整頓，頗有建樹。那時，沿海的倭寇在大將戚繼光的打擊下雖已解決，但北方的韃粗族還不斷侵擾內地，張居正把戚繼光調到北方，鎮守薊州。

又從山海關到居庸關的長城上修築了3000多座堡壘，加上戚家軍紀律嚴明，武器精良，指揮有方，多次打敗韃粗軍的進攻，逼得鞋粗首領俺答主動求和。張居正以朝廷名義封俺答順義王。從此互相通商，二、三十年內雙方再沒發生戰爭。這之後，張居正集中精力恢復和發展生產。修復了多處決口的黃河，開墾良田；針對大地主、皇戚貴族兼併土地、逃避稅收的時弊，下令丈量土地，查出一大批皇戚、豪強隱瞞的土地，調整了稅收，使豪強地主受到了抑制，國庫收入日豐。經過10年的努力，明朝的腐敗政治和國力都有了轉機。這十年中，張居正對幼小的萬曆皇帝也關懷倍至。安排他三、六、九日上早朝，熟悉朝政，其餘時間都用於讀書；他還為小皇帝選配老師，有時親自給萬曆講經書和歷史故事。

長城

親自編了一本有圖有文的《皇帝鑑圖說》，每天給萬曆講解；對萬曆的要求也十分嚴格，見他不讀書亂跑，就命人稟報皇太后管教。因此萬曆對張居正又敬重又懼怕。這十年間，萬曆也從小娃娃長成一個20歲的青年。萬曆十年六月，悉心輔政的張居正因病離世，萬曆帝無限悲痛，為張居正舉行隆重的葬禮，贈上國柱等。打這以後，他親自執政，一心要當一個名副其實的皇帝。他親理朝政後，很快發現君權與相權之間的矛盾。張居正雖然離開了人間，但他柄政期間提拔、重用的大批官員，還都在施實張居正的政綱。上書言事必提“先太師”如何如何，甚至避諱直呼張居正的名字，這些都使萬曆不高興。

他對張居正關於節儉的主張，以及專門為他編的講義40條，也大為不滿。聯想起以前老臣對自己的約束太死，加上張居正改革中被觸犯的那些皇戚貴族，也不斷向他吹風，要他儘快樹立自己的絕對權威，這就促使他輕率地發動一場清算張居正影響的鬥爭，來達到自己掌權的目的。他先頒佈了一道詔書，說張居正搞的清丈土地過頭。有的故意虛報、誇大；有的把房屋、墳地也填報成耕地。因此，不能把這個數字當做徵田賦稅的依據。這樣一來，以前對張居正改革不滿的官吏、皇戚，認為時機已到，趕緊抓住這件事大做文章，紛紛上奏章譴責張居正。張畢竟已死，到年底，便把矛頭指向正在柄政的馮保身上。

張居正

司禮監宦官首先揭發馮保假裝清廉，收賄以萬計，請求皇上公佈馮保罪狀，沒收其財產。還有的彈劾馮保，說“不殺馮保不足以平民憤。”萬曆不作調查，第二天便下詔，宣佈馮保“欺君蠢國，本當斬處，念其效榮尚有微功，故從寬發往南閒住。”其子馮佑也削職為民。緊接著，又下令撤銷與馮保關係密切的吏部尚書梁夢龍、工部尚書曾希詔、吏部侍郎王篆等人的職務，為全面“反張”掃清了障礙。在趕走馮保第六天，陝西道御史楊四知上疏奏章，列張居正14大罪狀。主要是“欺君蔽主、奎侈專、招權樹黨”。

明穆宗

萬曆馬上批示：“居正朕悉心委任，寵待甚隆，不思盡忠報國”等等，這就給張居正定了性質。這個批示一下發，朝廷內外揭發、清算張居正的影響進入高潮。不但揭發張居正的奏章相繼不斷，先前積極極推行張居正改革措施的官員也遭到參動。萬曆抓住這個時機，以清除張居正“招權樹黨”為名，又撤掉一批官員；同時他又委任一批新的朝臣。萬曆覺得自己掌了權，“反張”運動也告一段落。然而，他親政不到一年，因為立太子之事不如願，便心灰意懶，又不理朝政了。

萬曆皇帝

據史書記載，從萬曆十八年起，他索性不再臨朝。大臣的奏章、皇帝的諭旨，全靠內監轉達，直到萬曆四十三年，宮廷內發生一樁案子，他才召見一次群臣。朝廷重臣為官幾年，難得見上皇帝一面。新的大臣任職，包括權位極高的閣臣，他都拒絕謁見。有的大臣因種種原因離職，他也不做批覆；自動離去他也不管。朝臣大量缺員他一概不問。有史記載：萬曆三十年，兩京尚書缺8人，侍郎一級的缺94人，25個府沒知府。到萬曆四十年缺員更多。內閣、六卿都僅剩1人，都察院八年無正官，全國半數以上的府沒知府。

東北女真族

殿試的進士沒人管，都閒置京城。政權機構的癱瘓，使整個社會處於混亂狀態。從萬曆二十七年起，山東、荊州、蘇州等地，不斷有鄉民抗拒官稅聚眾造反。東北女真族首領努爾哈赤統一了各部落，在赫圖阿拉即汗位，建金國，史稱“後金”。時為萬曆四十四年。朝廷為抗金，又加重了農民負擔，反過來又促使農民暴動更加激烈。本來有望“中興”的明王朝，又從下坡路上開始迅跑。

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