1218年，由契丹人建立的西遼帝國被蒙古軍隊所滅。至此，蒙古帝國和中亞強國花喇子模成為鄰居。

花剌子模 。舊譯“火尋”，位於中亞西部的地理區域，阿姆河下游、鹹海南岸，今烏茲別克及土庫曼兩國的土地上。帝國鼎盛時期囊括中亞河中地區、霍拉桑地區與伊朗高原大部，國土面積達到360萬平方公里。1231年，花喇子模被蒙古帝國滅亡，整個國家幾乎淪為人間地獄。

屠殺蒙古商人，招來殺生之禍。

1218年，成吉思汗派出使臣與商隊450人，500頭駱駝，攜帶大批金銀珠寶與商品前往花喇子模通商。至訛答剌（今哈薩克奇姆肯特西北），總督亦難出見財起意，誣指商隊為間諜，上報皇帝屠殺之，侵吞商品與駱駝。成吉思汗當時正在全力攻打金國，於是他壓住怒火，派出使臣，致書摩訶末責其背信棄義，要求交出兇手。摩訶末拒絕要求並殺死正使，剃光兩位副使鬍鬚，押送出境 。

當然還有一種說法，是成吉思汗故意製造事端，挖了個坑，讓花喇子模往裡跳，乘機滅之。

於是成吉思汗將攻打金國的事交給了木華黎，決定用武力解決“挑事者”。他親率蒙古軍隊 15萬人向擁兵40萬的花喇子模發起了進攻。在這次戰爭中，成吉思汗的四個能征善戰的兒子全部清一色地到齊。

中亞名城撒馬爾罕、玉龍傑赤淪為修羅場。

相繼攻陷花喇子模一些重鎮之後，成吉思汗的大軍推進到撒馬爾罕（今烏茲別克第二大城市），他的兒子、三子也率兵趕來匯合。蒙古軍隊於是向該城發起了猛烈的進攻，城內的軍民抵抗也非常頑強，但是經過五天的圍困後，撒馬爾罕被攻破。

全部居民被趕到了城外，蒙古人對城市進行了洗劫，之後除了少數有技術的手工業者被赦免外，其餘的人被全部殺死。

毀掉撒馬爾罕後，花喇子模的首都玉龍傑赤成為下一個目標，蒙古軍隊將撒馬爾罕的俘虜和在城外周圍的居民趕到一起，給他們十人發一面蒙古旗，把他們裝扮成“蒙古人”，蒙古人在後面用刀劍逼迫這些人在前面衝鋒陷陣。這種“草木皆兵”的計謀比較有效，城內的軍隊看到城下漫山遍野的“蒙古人”內心幾乎是崩潰的。等這些假扮的人發揮完作用後，蒙古軍隊再毫不猶豫地將他們全部殺死。

玉龍傑赤遭到了十分頑強地抵抗，大兒子朮赤和二兒子察合臺由於久攻不下發生了內訌，直到三子窩闊臺趕到後，三人齊心協力才將該城攻下。當然玉龍傑赤的命運是更慘的，蒙古人依據“守城必屠”的原則，除了手工業者，屠盡了全城百姓。就這樣還不解氣，蒙古軍隊又將阿姆河的水灌入城內，使這座古都成為一片汪洋。

玉龍傑赤失守後，花喇子模蘇丹摩訶末徹底魂飛魄散了，他一路狂逃到了裡海的一座孤島之上，最後飢困而死。

呼羅珊、泥沙不兒城，人頭金字塔、雞犬不留。

首都玉龍傑赤雖然被攻佔了，然而花喇子模的各路“諸侯”還在，於是成吉思汗繼續戰鬥，以至將他們徹底消滅。

1221年蒙古軍隊開始了征服阿富汗、呼羅珊（現伊朗東北部）的戰爭。進入呼羅珊後，城內首領投降，然而除了首領免死，城內的居民並未倖免於難，成吉思汗的四子託雷坐在一把鍍金的椅子上親自主持對全部百姓的屠殺，400名工匠被赦免，男人、女人和兒童被分開，分別交給三個營計程車兵去屠殺。城內處處是一片慘絕人寰的景象。

隨後託雷率兵攻下了泥沙不兒城，成吉思汗的女兒要求讓整個城市為他死去的丈夫託忽察爾陪葬。因為不久前託忽察爾在圍攻這座城時被殺。於是這座城市被焚燬，連城裡的貓和狗都沒放過。為了防止人假死，士兵將所有人的首級割下。男人。女人和小孩的頭顱被分別壘成了金字塔形。

巴米安城，活人、物品皆不留。

成吉思汗橫過興都庫仕山，開始圍攻巴米安城（阿富汗境內），不幸的是，他最疼愛的孫子、察合臺的長子，木圖幹在攻城時被殺。成吉思汗抱著孫子的屍體哭了整整一天，當他將這個訊息告訴察合臺的時候，察合臺沒有掉一滴眼淚，他將這種極端的仇恨壓在心底。

巴米爾城最終被攻克。察合臺下令什麼東西都不要，所有的活人都被殺死，所有的物品全部被毀壞，這座可憐的城市成為了木圖幹殉葬品。

赫拉特城、馬魯城，“星期殺”、“回馬槍殺”

花喇子模滅亡後，蘇丹摩訶末的兒子札蘭丁組建了一支軍隊繼續和成吉思汗作戰，他甚至在喀布林以北的八魯灣打敗了蒙古軍隊。

八魯灣戰役的失敗，讓花喇子模的軍民勇氣大增，隨後赫拉特城開始反叛，殺死當地駐守官員。蒙古人經過六個月的圍困之後，才將該城攻下，為了報復，蒙古軍隊的屠殺持續了整整7天。逃出去的人跑到了馬魯城，他們又殺死了當地駐守的波斯藉總督，擁立札蘭丁為王。蒙古軍隊攻入城後將這些人全部殺死，屠完城後，他們假裝離去。逃到郊外或地窖裡的人以為敵人走了，便重新回到城裡，但他們萬萬沒想到，蒙古軍隊又殺了個回馬槍，將這些倖存者全部屠滅。

1231年春，戰敗的扎蘭丁往更西方的高加索地區逃逸，被殺，一說是被自己將領所殺，另一版本則是被追擊的蒙古軍所殺。總之花剌子模徹底滅亡。

經過成吉思汗暴風驟雨般的打擊之後，花喇子模的許多城市幾乎遭受了滅頂之災，久久不能復甦，不少城市至今還保留著蒙古人破壞的痕跡，帖木兒帝國時期曾想試圖復興這些城市，但由於元氣大傷，無法全部恢復。

尤其是伊朗東部地區，在遭受毀滅之後，成吉思汗被視為阿拉伯—波斯文明最可怕的敵人！