努爾哈赤征服建州，接著統一女真各部，降服漠南蒙古部族，建立後金汗國。皇太極即位後，子承父志，對衰弱的大明帝國，揮出了組合拳，欲要取而代之！

明帝國一開始還能對滿洲八旗進行有力的痛擊，可是由於統治者決策失誤（加之國內起義四起），關外城池全部丟失後，喪失了戰略主動權。從此，大明只能被動防禦，接連吃敗仗，變成了秋後的螞蚱。

在進入關內作戰前，皇太極成立了一支模仿滿洲八旗而建立的八旗漢軍，作為進攻的前鋒部隊。後來的事實證明皇太極的決斷是非常正確的，八旗漢軍攻城略地比滿洲八旗更驍勇強悍。

八旗漢軍與滿洲八旗建制一樣，分為正黃旗、正白旗、正紅旗、正藍旗，以及鑲黃旗、鑲白旗、鑲紅旗、鑲藍旗。其所採用的軍旗與滿洲八旗的軍旗一致，最大的區別是軍籍，八旗漢軍所屬大都是擄掠和歸降的漢人。

1631年，皇太極總結攻打大明城池的得失，除了城牆建造堅固外，最厲害的還要屬明軍的紅夷大炮。這種紅夷大炮使衝鋒的滿洲騎兵損失慘重，也加大了攻打城池的難度。於是，他從歸降的明軍中挑選會鑄造大炮和善於使用紅衣大炮計程車兵，把他們程式設計一旗漢軍。這一旗漢軍組建後，就成了皇太極的重炮部隊。

自努爾哈赤起建州女真就沒有停止過用兵（皇太極就是在刀光劍影中長大的），連年征戰不僅地盤擴大了，搶掠歸降的漢人越來越多，滿洲八旗已經容納吸收不了。加之皇太極志在入主中原，就對俘虜及歸降的漢人採用感化懷柔的策略（重用明降將和官員），企圖誘降抵抗的明朝軍隊。

1637年，皇太極手下的漢軍又增加兩旗人馬，兩年之後，漢軍飆升到了七旗人馬。1942年，皇太極發動松錦大戰，攻下錦州，俘虜了薊遼總督洪承疇，於當年再添一旗，最終建成八旗漢軍（初成建制接近四萬人馬）。

滿洲八旗，以騎兵衝鋒為主，野戰能力在當時的亞洲地區來說非常強大。可一旦說到攻打城池，滿洲八旗的優勢就沒有了（有力使不出）。八旗漢軍不管是水戰還是攻城戰，能力都在滿洲八旗之上，加之熟悉地利，在攻打城池上屢屢建功。

皇太極對八旗漢軍亦是非常重視，在大清立國後，八旗漢軍也成皇太極三大親軍之一。

到了順治時期，八旗漢軍，每旗設一名都統（最高指揮官，一品大員），都統之上則為大將軍（大將軍年羹堯，就出自八旗漢軍中的鑲白旗）。在大清中期以前的歷次戰爭中，八旗漢軍都發揮了非常重要的作用，之後就慢慢衰落了。