唐紹儀將費盡思量才擬定的名單提交到臨時參議院，進入投票程式，結果交通總長遭到否決，唐紹儀隨即提名立憲黨中的名土湯壽潛為候補人選，同樣沒透過，無奈之下，唐總理只好親自上馬，兼任交通總長—職。

陳其美在辛亥革命時佔領上海，隨後擁軍自立為滬軍都督。從區域建制上看，當時的上海只是道一級別，隸屬江蘇省。陳其美得知自己被推選為工商總長，認為這是江蘇都督程德全與唐紹儀的陰謀，設定虛職，剝奪他在滬的軍政大權。所以，他自始至終沒有赴北京就任。剛剛步入而立之年的宋教仁對區區農林總長一職不甚滿意，他年少氣盛，雄心勃勃地想自己組織內閣。還沒正式赴北京任職，他就三番五次向唐紹儀請辭。財政總長熊希齡意識到草創的民國財政困難，棘手問題多如牛毛，心中也打起了退堂鼓。

由於各種各樣的原因，新任的國務員們遲遲未動身前往北京履職，唐紹儀拿出了十二分的耐心，四處遊說，好言相勸，希望大家放下一時的小算計，共圖大業。袁世凱也不斷髮電報催促。身在武昌的副總統黎元洪适時通電南京的國務員們，力勸他們迅速北上。電文言辭懇切，聲淚俱下，在輿論界引發了軒然大波。各地報紙紛紛發表文章，不惜版面，濃墨重彩，或勸說，或斥責。國務員們在各方的壓力下，終於啟程赴京。

隨即，南京臨時參議院遷往北京，並由各省議會重新選出新的參議員。新的參議員又重新選舉吳景濂為參議院正議長、湯化龍為副議長。

至此，大總統、內閣、參議院入員基本就位，民國的政治架構搭建完畢，雖然這一切顯得那麼倉促、草率，但是在短短數月內就完成了從專制帝制向民主共和體制的轉變，實屬不易。

早在1874年，唐紹儀作為清帝國派往美國留學的第三批幼童之一，入哥倫比亞大學深造，身在民主共和的環境中，耳濡目染，其政治主張與南方革命陣營相近。在組閣的過程中，他確實與革命黨交往甚密，在袁世凱面前為南方陣營的利益據理力爭，這些行為當然會招惹北洋系人物的不滿，他們紛紛向袁大總統報怨唐的不是。唐紹儀似乎對自己和袁世凱的關係充滿自信，對流言蜚語不屑一顧。然而，眾口鑠金，再鐵的關係也經不起持續不斷的耳旁風，聽得多了，難免心生間隙。

按照《臨時約法》的規定，大總統釋出命令，必須經過國務總理簽署才能生效——這是南京臨時政府為防範袁世凱專權而設定的—道“緊箍咒”。正是這一制度設計給唐紹儀帶來無限苦惱。袁世凱舉薦唐紹儀為國務總理的初衷是讓他協助自己處理政務，而唐紹儀偏偏不甘願充當袁世凱的棋子。由於政見不同，總統和總理經常起爭執。

譬如，在內閣人員的安排上，唐紹儀主張南北兼顧，以便調和矛盾，袁世凱卻恨不得多多安插自己的心腹。袁世凱還越級指揮段祺瑞、趙秉鈞等人，把唐紹儀架空了；趙秉鈞等人也不怎麼把他這個總理放在眼裡，經常不出席國務會議，弄得唐紹儀尷尬無比。

袁世凱在大總統的位置上也渾身不自在，唐紹儀原本是自己多年的屬僚，現在自己反而要受其約束。唐紹儀又和南方革命黨打得火熱，處處為他們爭取利益，難免讓袁世凱覺得他“吃裡爬外”。由於袁世凱所受約束過多，他頒佈的大總統令往往得不到有效執行。參議院的參議員們大多是年輕人，從政經驗不豐富，個個以振興國家為己任，認死理，往往為某些條文爭得不可開交，導致行政效率低下。這讓早就習慣“凡事自己說了算”的袁世凱感到很不爽。

導致唐紹儀出走的導火索是直隸總督的任命問題。辛亥革命後，各省都督多為各省諮議局推選出來的，而且流行本省人擔任本省都督的做法。根據這—成例，直隸通縣（今北京通州）人王芝祥被擬推為直隸總督。王芝祥是前清將領，辛亥革命時服從革命，與革命黨走得近。直隸省是北洋新軍的核心地盤，直隸總督是各省總督之首，號稱“天下第一督”，晚清重臣曾國藩、李鴻章都曾官居直隸總督，袁世凱怎麼可能把這麼重要的位置讓給“外人”。唐紹儀卻再—次與南方陣營站在了一起，同意由王芝祥出任直隸總督。他向袁世凱彙報了這件事，袁世凱未置可否，只是讓王芝祥來北京。唐紹儀以為袁世凱同意了。

王芝祥很快就到了北京。當唐紹儀請大總統釋出任命的時候，得到的卻是北洋軍將領嚴詞反對王芝祥督直的通電。袁世凱把電文遞給唐紹儀，唐紹儀看後雖大為光火，卻也無可奈何。軍人干政在民國的政治生活中是稀鬆平常的事。

隨後，王芝祥單獨面見袁大總統，並滿口答應了大總統給他安排的新職位——南方軍宣撫使。當王芝祥拿著任命書請唐紹儀簽署的時候，唐紹儀竟絲毫不知情。他這個內閣總理被撇得徹徹底底、乾乾淨淨。他怒火衝上了腦門，拒絕在任命書上簽字。王芝祥只好拿著未經簽署的任命書去南京就任。

事情發展到邊—步，他這個內閣總理已是形同願沒了。他決定出走，經過一夜的輾轉思量，天微亮之時，他就叫了一輛人力車，直奔火車站而去。他以這種固執而草率的行為，表達了自己對民主政治的堅守。