康熙後期，朋黨之爭持續時間之長，範圍之廣，影響之大，是清代歷史上絕無僅有的。所謂的朋黨指的是師生、親友、地緣等途徑結成的官僚利益集團。但追根溯源，朋黨之爭主要還是和滿族的傳統密不可分，而這個傳統就是八旗制度。

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一，只知有旗主而不知有君王

努爾哈赤創立的八旗制度，使各旗的和碩貝勒（旗主）擁有很大的權力，分別成為本旗的所有者和軍事統帥，與旗下人的關係既是君臣，又是主奴。

八旗的基本單位是牛錄，是努爾哈赤作為一國之主所賞罰予奪的主要家產。他在世時，有權在各旗間調換牛錄，而他一旦去世，即位的皇太極便與八旗旗主貝勒處於等同的地位，他無權處分兄弟子侄的家產。

天聰四年（1630年），鑲藍旗旗主貝勒阿敏獲罪，他的戶口等財產被削奪後要全部交於其弟濟爾哈朗，作為舒爾哈齊一支的大族長和鑲藍旗主旗貝勒雖然易人，但只能在本支宗親中揀選繼任者。這一點可以說在八旗中是普遍適用的。

八旗貝勒對旗下牛錄擁有的佔有權，即使是擁有最高統治權的君主也不能隨意處置，這是後金乃至清初時期的大致情況。到了康熙晚年，雖然在一定程度上對八旗旗主有所遏制，但總體來看，旗主所擁有的權力仍然是皇權高度集中的一大障礙。

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二，限制和約束八旗旗主的權力

為了改變“只知有管主，不知有君上”的八旗舊有傳統，自皇太極開始，經順治，一直到康熙時期，都致力於打破原有的隸屬關係，重新確立皇權至上的核心體制。

八旗中，由於上三旗是天子自將，皇帝即是一國之君，也是上三旗的大族長，旗屬人效忠皇帝是自然，但下五旗的情況就不同了。康熙年間，以下五旗為王公貴族分封之地，和碩親王不再像清初那樣領有全旗，而是由皇帝從上三旗撥給十五個滿、蒙、漢軍旗分佐領和包衣佐領作為私屬，親王以下諸、貝勒，也分別領有若干佐領。

此舉雖然破除了旗主專擅一旗的積弊，但王公貴族仍以所得佐領為私產，在子孫中承襲，對於所屬佐領的旗人任意差遣役使。也就是說，下五旗旗人有兩重身份，他既是國家的官屬，又處在本旗旗主的支配之下。

下五旗旗人對於舊日領主的人身依附關係是很強的，由於

“諸王各有臣屬，視各忠其主為祖宗定製，此本八固山以來，太祖設立特殊之綱紀，旗員中有視為天經地義者”。

​由於八旗大臣與旗主貝勒王等存在隸屬關係，其交往也視為固然，但這卻妨礙了國家政務的公正性，尤其給結黨營私提供了機會。因此，康熙時期一如既往著手解決諸王與大臣相交結之事，並多次制定限制條例。

康熙十八年八月十一日九卿遵旨議復，就有這樣的條款：

“督撫、司道官員赴任時，謁見在京大臣各官，或自任所差人問候及在京家人等，來往大臣各官之家，將督撫、司道並不行出首之大臣官員，俱革職。若不知者降二級，兩家家人俱正法。若有因事營求苛派饋送大臣官員者，將饋送收受之人，俱革職拿問。”

由於八旗內以旗分佐領定親疏，因為凡事不問是非，而先問是否本旗、本佐領。康熙五十五年九月，西安將軍席柱貪汙案發後，康熙震怒說：

“西安將軍席柱，原系微賤之人，因有軍功，漸次升用為副都統、護軍統領。任都統時，放官及放披甲、撥什庫混索賄賂。此處朕不知，真情盡露，此無人不知者。其同旗為科、道之人，豈有不知之理？然竟無人參出。”

​康熙晚年多次申飭下五旗貝勒大臣結黨營私，並將皇子各結黨援、互爭雄長歸咎於下五旗。康熙四十八年三月初十日，在第二次冊封皇子時，康熙痛斥：“五旗諸王，並無一人念及朕躬，竟以朕躬為有何關係，惟各飽暖是圖”，又說：“承襲諸王、貝勒、貝子等日耽宴樂，不事文學，不善騎射，一切不及朕之諸子。又或招致種種匪類，於朕諸子間肆行讒譖，機謀百出，凡事端之生，皆由五旗而起”。

三，旗人各護其主，徇私結黨

二廢太子後，康熙諸皇子蠢蠢欲動，上演爭儲大戲。由於諸皇子各結勢要，其屬人也是各護其主，這也是康熙帝遲遲不願再立太子的主要原因之一。康熙五十二年二月初二日，康熙說：

“今眾皇子學問見識不後於人，但年俱長，已經分封，其所屬人員未有不各庇其主者，即使立之，能保將來無事乎？”

​八旗內各護其主，凡有舉薦，皆其旗分、黨類，康熙三十九年九月十七日，康熙帝諭大學士等曰：

“旗下大臣子弟，今皆令入部院衙門，大臣交相顧庇，一應升遷、出差全不論俸之深淺、人之優劣，擅徇情面，選擇保奏，其間攬事恣行者亦有之。此輩在部院衙門，大臣等彼此相托，不無掣肘。”

為此，康熙帝令八旗官員也實行迴避制度，以免朋黨相結。

八旗的這種各護其主的傳統做法，在諸皇子黨爭中表現得十分突出，這也是康熙晚期黨爭牢不可破的原因所在。在康熙時期的朋黨中，八旗大家族的崛起及其加盟黨爭中也是頗具民族特徵的問題。

本來，以血親為基礎的大家族力量是中國封建社會的基本組織，但它又是社會文明不發達的產物，並與以皇權為核心的封建統治形成既矛盾又統一的關係。在一個基層組織中，這種家族力量起到了維繫穩定的作用，但讓其勢力介入到國家政權，則無疑是一種離心力量。

​自東漢至魏晉南北朝，大家族勢力具有舉足輕重的地位，東晉有“王與馬共天下”之說。但是，隨著科舉制的普遍推廣，作為入仕的基本條件，要取得進士資格，這對勢家大族是個很大的打擊。因此，宋明以來，家族勢力在國家政治生活中再也不能發揮以前那樣的作用。當然，清代國家政權中家族勢力的興起，是與其傳統習慣以及滿族自身文明狀態有關的。