滿清於1645年正月兵不血刃佔領西安。

此時，橫在多爾袞這些滿清最高層面前的，就剩逃竄的李自成和偏安江南半壁的弘光朝。當時天下可戰之兵都在北方，北方連年戰亂，明朝早就把一切可調動的軍事力量調往了北方戰場，也都消耗在了與大順和滿清的作戰中。可以說，從軍事層面而言，放眼天下，滿清已經沒有對手了。滿清擊潰了大順軍，收編了明朝剩下的唯一能打的邊軍，已經沒有軍事力量再能與之抗衡。唯一要做的就是跑步接管東南和西南。

1645年正月，滿清最高層決策——三路大軍齊頭並進，直插東南。一路由英親王阿濟格率領，往東南方向，繼續追剿李自成，順路解決明軍左良玉部。一路由多爾袞親弟多鐸率領，往東出發，經泗州、揚州，攻往南京方向，解決明朝的高傑、黃得功、劉良佐三鎮。最後一路，實力較弱，從山東南下，經徐州攻往通州（今天的南通），解決明朝劉澤清部。

整體部署是西安的滿清大軍分為兩支主力。一支主力往東一路掃蕩，山東南下偏師作為配合，合力打掉明朝江北四鎮。另一隻掃蕩大順軍餘部和左良玉。

而南明做了什麼籌劃呢？在1645年初，史可法安排高傑部北上，本意是配合滿清剿滅李自成，順便佔點地盤。此時，南明根本沒打算和滿清正面較量。實際行動表明——他們想劃江而治。此次北上總共就高傑一路軍隊兩萬兵馬，根本沒看出有打算和清軍正面硬剛。而這還是南明唯一一次主動進取。但是，天不遂人願，人還自己作死，下面細說。

高傑北上來到睢州，但當地明朝河南總兵早已降清，高傑明知這個情況，還知道對方已經把兒子送到清軍那當人質了。就這樣，還敢就帶個300親兵進城。結果就是酒席上被殺。北上軍隊主將被害，此時史可法又來了一記騷招。那時明朝江北四鎮之間，時常火併搶地盤。高傑妻邢氏擔心高傑兒子尚年幼，無法在這種局面下壓服眾人，提出讓她兒子認史可法為義父。（此處說明下高傑這部軍隊，高傑本是李自成部將，後來把李自成老婆拐跑了。再後來跟過孫傳庭守潼關，孫兵敗後，高南逃至馬士英處庇佑。後來和其它江北三鎮擁立弘光朝，被封了伯爵。可以說，高傑部在南京弘光朝廷內是沒有根基的。主將沒了，剩下眾將肯定是得想想今後的出路）而正好史可法沒兒子，認個義子，那這簡直就是送上門的兵權。雪中送炭，收編一支在當地沒有根基的軍隊，那史可法這個督師就不會有名無實了。可以以這支軍隊為基礎，慢慢擴充自身實力，很多政治抱負才有所可為。可史可法嫌棄對方是流賊出身，讓對方認一個太監做乾爹，總督江北錢糧兵馬太監高起潛。在封建社會，讓人認一個太監做乾爹，這一巴掌恨恨涼了高傑眾部下的心。

雖然，史可法大肆封賞了高傑一眾部下，但他們的降清此時就已經板上釘釘了。因為，亂世之中軍隊必須尋找政治上的靠山。否則拼死拼活地打，誰來獎勵軍功，而且很快就會被各方坑死。所以，要麼自成軍閥，要麼找到靠山。原先高傑南逃，找馬士英當靠山。後來擁立弘光帝，高傑就自己有了政治資本。而現在高傑沒了，他的政治資本此時又不可能被繼承。此時高傑部當軍閥實力還不夠，則必須要找靠山。找史可法，史不接受，可在當地無根基又無法找到其它靠山。那清軍南來，當然就是鐵定的投降。

四月十七日，清軍距離揚州二十里下寨。在這段時間內，江北四鎮除黃得功部，其餘三鎮皆降。這期間又有個小插曲，揚州西門城外地勢高且有樹木遮擋，不利於防守，史可法說是李姓官宦人家祖墳，不能伐。諸將嫌此地危險的話，他就自己守。二十五日城破，史可法被俘後寧死不降，遇難。史可法在盛世是位宅心仁厚的好官。但亂世容不下好人。

五月五日，清軍抵達長江北岸，十日弘光帝出逃，十五日南京投降。弘光帝逃至蕪湖黃得功部，黃得功部下田雄、馬得功其實早就降清，黃得功與清軍血戰時被叛軍一箭射中喉嚨拔劍自刎。弘光帝被俘，後來被殺。

弘光帝被俘後，南明以弘光帝母，太后的名義，定潞王監國。當初東林黨說這傢伙賢明。結果，好傢伙，讓他監國，他覺得是被火上烤，一心想投降。守衛杭州的時候，竟然從城頭掉下酒肉犒勞清軍，喪心病狂。城破被俘，最後被殺。

潞王作為萬曆皇帝的侄子，本是東南抗清前線，就近，最名正言順的皇位繼承人。他的投降帶來了，皇位繼承混亂的問題。因為此時法統最正的桂王遠在廣西，而此時東南是抗清前線，戰況緊急，根本來不及跑廣西再把桂王接過來這一系列操作。東南前線急需一位明朝正統皇帝來穩定人心。所以，只能從疏遠的藩王中選擇，這樣隆武政權就在福州建立了。

由於，此時滿清自認為已經掃平天下，剩餘地方可傳檄而定。於是強推剃髮令，原先浙江已經投降計程車紳不滿此舉，起兵反清。由於，通訊不暢，不知隆武政權已建立，就近找了殘存的明宗室魯王當監國（當然，也有很多人是為了透過擁立皇帝攬權）。在客觀上造成了，南明這片殘破的江山上出現了兩個小朝廷——隆武政權和魯監國。兩個小朝廷之間，為了各自所謂的正統，互挖牆腳，還爆發了內戰。不過，所有的鬧劇都在第二年清軍南下後戛然而止。

1646年，此時清軍主力已經返回北方。只留下部分軍隊，會同明朝降軍繼續掃清東南。五月十五日，清軍進抵杭州。二十九日魯監國逃亡海上。同時，清軍進攻江西福建，同年八月二十八日，隆武帝在福建長汀被俘後遇難。

此時，清軍已經佔領浙江、福建、江西。桂王朱由榔於同年十月十日出任監國，就是之後的永曆帝。中間出現一個插曲，隆武帝弟弟在廣東被推選為皇帝，也就是紹武政權。推選他的原因是，永曆皇帝從廣東跑了，但由於滿清剃髮令，廣東當地士紳不願降清，那總不能遙奉一個跑路丟下廣東不管的永曆當皇帝。期間紹武政權依舊和永曆朝廷內戰，內戰正歡，被李成棟偷襲廣東得手，宣告覆滅。紹武政權總共存在了一個月。

至此，清軍拿下了整個東南。

兩年左右光景，李成棟從高傑的一個部將，一路南下打下廣東，被封兩廣提督。

清軍南下過程中，南明腐敗透底，花費鉅額糧餉打造的軍隊，往往一觸即潰，旋即投降。一眾朝臣危難時刻不忘爭權奪利互相攻訐。而剃髮令下，清軍一路上揚州、嘉定、崑山，幾乎每個江南名城都有滿清犯下的累累血債。