民國十五年（1926年）七月，廣州革命軍開始北伐。九月，馮玉祥（1882～1948年）宣佈脫離北洋軍閥，參加國民革命。吳佩孚聯合張作霖（1875～1928年）攻打馮玉祥，被北伐軍擊敗。

次年（1927年）春，馮玉祥佔領西安，配合北伐軍合攻河南。而少林寺的主持妙興違反寺規投靠了吳佩孚，做了團長。

二月，妙興所率第一團奉命開往鄭州，又調往舞陽。

三月六日，在與任應岐部交戰中，妙興陣亡，年僅37歲。

六月，遺體由弟子體信運回少林寺，葬於寺東北山坡上。

民國十七（1928年）年三月，妙興的上級樊鍾秀乘馮玉祥的國民軍後方空虛，奪佔了鞏縣及偃師縣，但不久被馮部將領石友三奪回。樊鍾秀南撤，轉攻登封縣城，其司令部即設在少林寺內。石友三部向南追擊，至輾轅關（十八盤），少林寺僧助樊狙擊，終不敵而潰。200多僧眾也幾乎被殺盡。

三月十五日，石友三追至少林寺，縱火焚燒了法堂。次日，駐防登封的國民軍（馮玉祥部）旅長蘇明啟，命軍士抬煤油到少林寺寺中，將天王殿、大雄殿、緊那羅殿、六祖殿、閻王殿、龍王殿、鐘鼓樓、香積廚、庫房、東西禪堂、御座房等處，盡付一炬，以洩其憤，許多珍貴的藏經、寺志、拳譜等燒成灰燼。至此，千載少林寺的歷史建築全部燒燬。

少林寺方丈妙興投靠北洋軍閥，出任團長，參與征戰，不但違背了佛寺清規，且引來了少林寺的滅寺之災。

此後的少林寺當家和尚淳樸（鞏縣回郭鎮人）、貞緒（1893～1955，鞏縣魯莊鄉南村人，俗姓李）等人，只在維繫山門而已。

我們現在看到的少林寺已不是歷史上的少林寺，1982年以後，國家為方便中外文化交流對少林寺進行了大規模的重建，現已形成以山門、天王殿、大雄殿、藏經閣、方丈室、立雪亭、西方聖人殿為主題的嵩山少林建築群。