建文帝朱允炆作為朱元璋的皇孫，深受其喜愛，在其病危之時，不顧大臣反對就立朱允炆為明朝第二任皇帝。但在位僅僅4年的時間就被其叔叔燕王朱棣發動兵變給推翻了。朱允炆知道無力迴天，便一把大火燒了皇宮，此後建文帝就下落不明。根據朱棣為了名正言順的登上皇位，便昭告天下建文帝自焚而死。這也是正史所記載的內容。那麼建文帝到底是自焚而死還是逃走了呢？這成為明朝第一大謎案。

洪武三十年朱元璋認為自己可能不久於人世，就命足智多謀的李淑妃自盡，以防像唐朝一樣出現“武后之禍“。太祖的長子朱標，為馬皇后所生，洪武二十五年（公元1392年）因病醫治無效死了，再選一個繼位者成了朱元璋十分緊迫的事情。朱標的兒子朱允效人雖聰穎，但性格優柔寡斷，朱元璋覺得不是最適合。燕王朱棣智慮過人，朱元璋十分鐘愛他，一度想把皇位給他。朱標死時已有五個兒子，嫡子早殤，次子朱允墳也已長大，朱元璋要舍孫立子，不合自己制定的禮儀。於是他召開群臣大會，以欲立燕王棣之意詢問諸臣，學士劉三吾當場反對：“皇孫年富，且是嫡出，孫承嫡統，是古今的通理。若立燕王，那麼秦王、晉王該怎麼辦？”這樣朱允炆就成了皇位的繼承人。

各地分封的藩王，都看不起侄兒朱允墳，只是因父皇還活著，大家隱忍不發罷了。洪武三十年（公元1398年）朱元璋死，在遺囑中他稱讚皇孫朱允墳人很聰明，講究孝道，希望各位大臣盡心輔助，各地諸王駐守原地，不用赴京奔喪。幾天後朱允炆即位，稱明惠帝，改元建文，所以又叫建文帝。建文帝明白各地藩王實力強大，戰功卓著，就以太祖遺詔為由，禁止各位王叔入京。燕王朱棣人已到淮安，只能掉頭回到北京，內心充滿著怨恨。

建文帝上臺後，對王叔們不把他放眼裡十分記恨。特別是力量最強大的朱棣，大臣朝見他時竟然立面不拜，令他十分惱火，遂著手做削落的準備。他先是將周王貶為平民，後接連治代王、岷王、湘王、齊王等罪，接著在自己當年的伴讀老師黃子澄等人的謀劃下派人到北京去，控制燕地兵權，監督燕王行動。公元1399年7月，建文帝走出了最為冒險的一招，他命北平左布政使張員等發兵逮捕燕王，但早做準備的燕王把張員等全部摘殺，以清君側為名打著靖難的旗幟，廢除建文帝的年號、續稱晉武武三十二年，正式開始了靖難之役。

靖難之役共歷時四年。至建文四年（公元1402年）六月，朱棣兵臨南京城下，守衛京城的大將李錄隆開門投降，朱棣代兵入城，在任官員四處逃串，氣急數壞的建文帝下令放火燒宮，當燕王來到皇宮時，宮中已是一片火海，建文帝不知去向，所使用的玉璽也隨他一起消失。除了當時的太監從火堆中扒出一具燒焦的屍體之外，並滅有任何建文帝的蹤跡。那麼建文帝到底是被大火燒死還是逃走了呢？這成為了一大懸案。

正史記載建文帝在宮中自焚而死。當燕王到來時，建文帝自知大勢無可挽回，遂縱火自殺。《太宗實錄》說，朱棣兵攻至南京城下，文武百官諸王無計可施只能前來見皇帝，建文帝想出去迎接朱棣，想不到左右的人已全部散盡，僅有內侍太監數人而已。建文嘆日：“我何面目見耶！”就關了門自焚而死。朱棣上臺後在給朝鮮國王的詔書中就談到：“不期建文為權奸逼脅，言官自焚。”但建文是否真死於自焚，很多人表示懷疑。因為事後朱棣命太監在火燒後的餘燼中反覆搜檢，發現了馬皇后和太子朱文奎的遺骸，卻就是不見建文帝。《太宗實錄》說朱棣是找到了建文帝，並令以皇帝規格舉行葬禮，但明清兩代從未有人提到在南京附近有建文的陵園。《春明夢餘錄》談到明末有人請崇禎帝將建文列人祀典，崇禎嘆道：“建文無陵，從何處寄？”20世紀30年代，明清史專家孟森就認為雖然《明實錄》載建文帝在宮中起大火時燒死，但明代就無人相信。清朝修《明史》說“燕王遣中使出帝后屍於火中”，這是因為康熙時朱三太子案攪得人心惶驚，因而“故有此曲筆耳”。