“幕府將軍沒有取代或廢除天皇本質上是武家與公家，武士階級內部利益平衡和政治博弈的結果。”

公元1192年，源賴朝受封為徵夷大將軍，正式開幕，標誌著日本由武士階級掌握政權、實行軍事封建統治長達六百餘年的“幕府政治”開始。曾經作為日本最高統治者的天皇權威基本喪失，逐漸淪為傀儡。國無二主，作為日本實際最高統治者的幕府將軍為什麼容忍天皇的存在，不取代或者廢除天皇呢？這可能是利益平衡和政治博弈的結果。

大化改新確立了日本從奴隸社會過渡到封建社會後政治制度的基本框架。

從公元646年大化改新以來日本建立了中央集權天皇制封建國家，直到1192年鎌倉幕府建立，經過五百餘年的奈良時代、平安時代，中央集權思想得到不斷強化，中央集權行政體制不斷完善。天皇作為日本最高統治者已經深入人心，鎌倉幕府建立者源賴朝在推翻日本第一個武家政權——平氏政權時，藉助皇子以仁王之命，打著“以仁王令旨”的旗號起兵討平。可以說鎌倉幕府的合法性是建立在天皇的授權的基礎之上，作為鎌倉幕府的第一代當家的源賴朝是沒有理由立刻取代或廢除天皇。源賴朝死後，鎌倉幕府實際由外戚北條氏掌權，北條氏本身並不是幕府將軍，在幕府將軍的任命上需要天皇，更不會取代或廢除天皇。

源平合戰史稱“治承·壽永“之亂，源氏一統，源賴朝建立鎌倉幕府

幕府將軍與天皇矛盾，本質上是代表武士階級的武家政權與代表公卿貴族的公家政權之間的利益衝突。

政治上，推翻或取代天皇則是推翻並重建自大化改新以後就確立的公家政治，這是一個長期的過程。作為歷經五百餘年的公家政治並不是作為新興的武家政權能夠輕易推翻的，同時武家政權在管理上也是一個逐步完善的過程，在這過程中是需要成熟的公家政治的支撐，實現有效管理。經濟上，在新興的武士階級對握有大量土地莊園的公卿貴族的蠶食和掠奪。幕府將軍為了獲得武士集團的支援，需要將封建社會最重要的生產資料——土地，賜予有功的武士。而日本作為面積狹小的島國，可供耕種的土地有限，且多數已經由公卿貴族掌握，幕府利用權力不斷損害公家利益，最終導致了“承久之亂”，公家戰敗，公家土地莊園被沒收，被幕府將軍重新分配給從屬，朝廷喪失了擁有軍隊的權力，國家權力已嚴重傾向於武家。室町幕府時期，幕府將軍足利義滿完成“南北統一”，武家一元化統治雖被確立。但公家政治依然存在，公卿貴族依然享有領地，幕府維護統治在一定程度上仍依賴於公家。公家的存在是幕府不能取代或者廢除天皇的重要力量。

室町幕府三代將軍足利義滿實現“南北統一”

天皇的存在是武家內部鬥爭妥協的結果。

雖然幕府建立了武家政權，但武士階級內部並非鐵板一塊，特別是幕府與地方武士集團之間的矛盾。進入室町幕府時代，武家政權的保證在於強大的武力，強大武力的擁有者可以能夠干預幕府。在鎌倉時代，武士領主化的現象越來越明顯，室町幕府時代逐漸形成掌握大量土地、人口、稅收的大名。類似於唐朝的藩鎮，這些大名的存在是對於幕府將軍最大的威脅，幕府將軍則透過打擊實力較大的大名，保持自己優勢，這一矛盾貫穿於室町幕府始終。在沒有強大到可以完全壓制地方勢力幕府將軍透過控制天皇比取代或者廢除天皇這個名義上的最高統治者，更有利於維護統治。而對於地方勢力來說，天皇的存在，如能獲得天皇諭旨，地方則具有了反叛幕府的合法性。例如江戶時代末期的倒幕運動提出“尊王攘夷”，將天皇作為地方反抗幕府的旗幟。因此，作為武將政權的中央和地方都需要天皇這個名義上最高統治者的存在。

神道教主神——天照大神

天皇的神化地位對於幕府穩定統治具有重要作用。

日本在歷史上是一個神權國家，實行政教合一的體制，天皇被宣揚為創世神天照大神的後裔子孫，萬世一系，是代天照大神進行統治。這一觀念在當時日本各階層深入人心，在注重血統的古代日本，沒有天皇血統的幕府將軍是無論如何也無法成為天皇的。其他如徵夷大將軍、關白、太政大臣等職位也必須由特定家族或姓氏才能擔任。完成統一日本的羽柴秀吉，因出身卑賤，只得由朝廷賜姓“豐臣”，提高出身，才擔任關白一職。在德川幕府時期，已經被完全架空的天皇，某種程度上已經與幕府將軍成為利益共同體，在臣民心中神化的地位加之德川幕府更為有效對地方大名的壓制，成為穩固武家政權的基石。