澳大利亞獲取核潛艇的目的本是衝著中國來的，但此舉卻得罪了不少其他國家，在歐洲之外，澳大利亞把東南亞國家也給得罪了。據觀察者網9月19日援引澳大利亞《悉尼先驅者報》訊息報道，澳大利亞總理莫里森原本計劃對印度尼西亞進行訪問，但此行程已被取消。而在澳大利亞方面制定了核潛艇計劃之後，莫里森專門向印尼總統佐科·維多多致電通報，但印尼方面的態度很堅定，那就是對澳大利亞決定表示“嚴重擔憂”。印尼外交部也強調，對於持續性軍備競賽和地區力量投射，感到嚴重擔憂。

印尼會對澳大利亞的核潛艇計劃感到不滿，這背後的根源是印（印尼）澳兩國之間本就不怎麼融洽的關係。印尼和澳大利亞互為最大的鄰國，原本雙方關係都是兩邊最重視外交關係，但雙方因多個現實利益衝突問題而產生較大的矛盾。首先，地緣上看，印尼是澳大利亞接近亞洲大陸的一個跳板，堪稱澳大利亞和亞洲大陸接軌的一個紐帶，二戰期間日本就是透過控制東南亞的印尼，對澳大利亞構築了實質性的威脅。雖然日本未能依託印尼為跳板入侵澳大利亞，但澳大利亞始終清楚印尼的安全重要性。因此，澳大利亞不斷對印尼局勢保持高度關注，並施加影響力引導印尼周邊局勢的發展，試圖控制印尼政局。

早在冷戰期間，印尼就和澳大利亞出現了領土糾紛摩擦，澳大利亞為了獲取一個安全屏障，奪下所謂的“印尼進攻澳洲的跳板”，反對把西伊裡安地區的新幾內亞主權交還印尼。儘管如此，印尼還是在蘇聯的支援下，成功地獲得了新幾內亞，但雙方已經埋下了不和的種子。隨後，印尼和澳大利亞的關係幾度波折，先是澳大利亞介入印尼和馬來西亞爭端，後是印尼合併東帝汶，直到現在東帝汶問題仍然是澳洲和印尼的焦點。目前，澳大利亞的態度仍然是積極支援東帝汶獨立，此舉直接威脅到印尼的國家安全和領土完整。所以，雙方在地緣和現實方面的利益衝突幾乎不可調和，印尼直接將澳大利亞視為最主要的安全威脅，澳大利亞同樣把印尼視作對手。有人說，澳大利亞只有把印尼肢解了才會覺得安全，此話雖然誇張，但部分反映了澳大利亞的心態。

除去領土糾紛之外，印尼和澳洲的矛盾不僅於此。兩個國家分別是伊斯蘭教主導地位和基督教主導地位，宗教差異帶來的敵視始終存在。兩國也都是依賴礦產資源出口來發展經濟，且二者出口的部分產品存在重合，例如澳大利亞和印尼都出口煤炭和天然氣，前者煤炭儲量達1474。35億噸，天然氣儲量達13600億立方米，後者的這兩個數字分別是580億噸和123589兆億立方米，雙方的資源儲備直接令彼此成為資源出口競爭對手。可以說，在政治、經濟和地緣戰略方面，印尼和澳大利亞都有嚴重的分歧，從而始終難以徹底解除對立。雖然雙方迫於實力不足，以及恢復經濟發展方面的需要緩和了彼此的衝突，但問題只是緩和，根本沒有解決，一旦雙方中哪一邊決定性地增強軍力，立刻就會引發對面的懷疑，從而讓彼此的關係再度惡化。現在澳大利亞方面進一步靠攏美國，並發展核潛艇這種攻勢性武器，必然會引發印尼方面的憂慮，印尼官方所說的感到擔憂已經是客氣說法了。

在澳大利亞這一番操作之後，印尼將對澳大利亞有更多的警惕情緒，連帶著會對美澳英這個小團體產生更多的不滿情緒。在這樣的背景下，印尼有可能成為中國應對美英澳小團體的一個新夥伴。印尼近年來不斷修補和中國的關係，雙方之間的合作逐漸加深，在地區問題上的矛盾也逐漸緩和，彼此的外交趨勢是總體向好的。而在澳大利亞重新武裝自己的情況下，印尼也很可能需要加強自己的軍事能力，在此情況下，中國會是非常好的合作伙伴。雖然不至於向印尼出售核潛艇，但出售部分常規潛艇、護衛艦甚至戰鬥機，都是中國方面可能的選項。對於美澳來說，這一次武裝澳大利亞帶來的側面效果之一，就是更多地激怒了印尼，這會把這個東南亞重要的國家推向中國，這方面的影響是不可忽視的。