元朝建立後，常州升為路，領晉陵、武進兩縣。至正十六年（1356年），朱元璋指揮紅巾軍攻打元軍，橫掃南京、鎮江等地，自稱“吳國公”，以南京為中心的江南根據地逐漸鞏固。他掌權江南後，採用“高築牆、廣積糧、緩稱王”的策略，重置郡縣，興耕積糧，以強化對江南的統治。次年三月，徐達助朱元璋攻取常州，改元朝所設的常州路為長春府，為“萬古長春”之意；同時又取“永定久安”之意，將武進縣改名為永定縣；取“京畿臨近”之意，改晉陵縣為京臨縣，同年又將京臨縣併入永定縣。

至正二十二年（1362年），朱元璋為進一步加強對江南的管理，大力推行墾荒屯田，徵收商稅。為了理順郡秩縣序，他又對之前所改的郡縣名稱進行復古性調整，長春府複名為常州府，永定縣也恢復了原來的武進縣名。

在武進歷史上，“永定縣”和“京臨縣”從改名到複名僅僅數年時間，可謂“朝令夕改”，但卻是元朝政權滅亡前一段歷史的縮影和見證。

明洪武元年（1368年），朱元璋破擊各路農民起義軍，在應天府（今南京）稱帝，國號大明。泰昌元年（1620年）八月，因避明光宗朱常洛諱，常州府改稱嘗州府。

清崇德元年（1636年），皇太極稱帝，改國號為大清。順治元年（1644年），李自成的大順軍攻佔北京，明朝滅亡。次年，清軍南下江南，佔領嘗州，嘗州府復為常州府。

清朝建立後，經順治、康熙兩朝治理，江南地區的農業、商業都得到了迅速發展。但是隨著經濟的發展，武進縣的人口數量也由明末的不足三十萬，激增到百萬餘人。人口數量和經濟活動的增多，造成武進賦稅連年遞增，民眾不堪重負。康熙帝南巡時，曾在武進寫下《御製南巡江南詩》，詩中寫到“國家賦稅東南重”，朝廷已知當地官吏、百姓都為賦稅所累，所以決定減免往年欠稅，地方政府也應盡力摒棄奢靡之風，減輕百姓負擔。康熙帝此次南巡雖然減免往年欠稅，之後的賦稅指標卻並未降低，民眾仍為賦稅所累。雍正二年（1724年），兩江總督查弼納以蘇、松、常三府州縣賦稅繁重，奏請分大縣為小縣，然後清戶口、查田畝，以按實數徵收賦稅。這一建議得到雍正皇帝允准後，四年（1726年），常州府下轄武進、無錫、宜興三縣各分為二，武進分出東部城鄉一半地域，新置陽湖縣，同屬常州府。