納卡地區在蘇聯時代原為亞塞拜然加盟共和國境內的一個自治州，由於其人口以亞美尼亞族為主，所以在蘇聯解體之後一心同亞美尼亞合併。從亞塞拜然的角度來說，為了維護國家主權和領土完整自然不肯容忍納卡這種公然的“叛亂”行為，但隨後的一系列變故卻加劇了外高加索地區的亂象。

亞美尼亞是個高山民族，納卡地區也在小高加索山脈上，與亞美尼亞氣候文化都接近，反而與亞塞拜然庫拉河下游的平原地區差異很大。

公元前190年前後，亞美尼亞王國達到全盛，其領土從裡海西岸延伸至地中海東岸，顯然這樣廣闊的疆域包含了今日的亞美尼亞與亞塞拜然。不過隨著羅馬帝國與波斯帝國對高加索地區的爭奪日趨激烈，亞美尼亞王國被迫一分為二，其西部一帶置於羅馬的保護之下，東部則被波斯收入囊中。在東西兩大勢力的分割之下，高加索地區的分裂由此開始。此後經年累月之下，西部地區的居民（亦即今日亞美尼亞人的祖先）接受了基督教，而隨著波斯被阿拉伯帝國取代，東部族群（亦即今日亞塞拜然人的祖先）被伊斯蘭教同化。阿拉伯帝國滅亡之後，奧斯曼土耳其強勢崛起並一舉囊括整個環黑海地區，這一時期伊斯蘭教的繁榮程度達到鼎盛，信奉基督教的亞美尼亞族不得不向西壓縮，而騰出的納卡地區便被信仰伊斯蘭教的亞塞拜然人填補。儘管失去了祖居之地，但亞美尼亞人卻從未忘記自己原來的疆域，而接下來從高加索山脈北麓翻越過來的沙皇俄國給亞美尼亞提供了翻盤的契機。俄國同奧斯曼土耳其為了爭奪黑海地區的控制權，先後打了兩百多年的俄土戰爭，最終沙俄獲勝併成功將外高加索併入版圖，而這一地區後來在蘇聯時代演變為喬治亞、亞美尼亞和亞塞拜然三個加盟共和國。沙俄接手該地區之初，伊斯蘭教仍然佔據著強勢地位，再加上南方的奧斯曼帝國死而不僵，俄國不得不透過扶植打手來平衡奧斯曼的勢力，於是信仰基督教的亞美尼亞人被選中。俄國統治期間，官方極力支援亞美尼亞人返回納卡，截止蘇聯成立前夕，納卡地區的亞美尼亞人已然超越亞塞拜然人成為主體民族。

如此一來，亞美尼亞、亞塞拜然兩大加盟國的矛盾便不得不靠蘇聯中央政府進行調和，最終納卡被劃入亞塞拜然，但享受一定的自治權。20世紀90年代蘇聯轟然解體，納卡的去向再度成為亞美尼亞與亞塞拜然爭執的焦點，納卡本身傾向於同亞美尼亞合併，但亞塞拜然無法容忍這種結果，於是雙方開始訴諸於戰爭。交火持續了三年，直到1994年雙方才在俄羅斯等外部勢力的干預下實現停火，但納卡卻成為兩國的心結。直到今天，儘管國際社會普遍承認亞塞拜然對納卡地區的主權，但納卡地區擁有自己的國號，即“納卡共和國”。在這個“共和國”裡，納卡人擁有自己的武裝，並使用亞美尼亞相同的貨幣。顯然這樣的局面很不利於亞美尼亞與亞塞拜然的邦交，這也是造成亞美尼亞、亞塞拜然兩國至今敵對的主要原因。