嘉靖倭患並不是外族入侵，而是內部階級鬥爭。

嘉靖年間的倭寇劫掠和元末明初時期的倭寇劫掠完全不同，元末明初時期，日本國內戰亂不斷，產生了大量被打敗而失去領主的武士，領主之間的戰爭消耗頗大，轉而組織武士對朝鮮沿海劫掠，補充自己的消耗，之後劫掠範圍擴大到國內山東沿海。南方沿海的侵擾主要是方國珍，張士誠的餘部，當時政治的需要，也把他們說成倭寇入侵，隨著明朝度過政權交替期，社會逐漸穩固，憑藉強大的軍力，倭寇問題很快得到解決，之後多年只有零星倭寇入侵的記錄。

嘉靖年間的倭寇入侵，主要原因是由於嚴厲的禁海令導致的社會矛盾。沿海人民世代依海而生，禁海徹底斷絕了他們的生計來源，人民痛苦不堪。同時也阻斷了中國與國外的貿易往來，然而海外貿易的需求仍然強烈，鉅額的海外貿易利潤致使貿易商人鋌而走險，將貿易轉入地下，從正常貿易變成走私行為，而後發展到武裝護商，最後直接劫掠，變成亦匪亦商。禁海令不得人心，沿海失業人民無路可走，紛紛加入到海商集團的走私劫掠行動中。走私劫掠的海商集團日益壯大，由於招募了部分日本浪人，海商集團為了迷惑官府達到自保的目的，都會假借日本海盜入侵。因本身就是沿海居民，對當地情況瞭如指掌，又安排有暗哨在陸地，監視官軍部署行動並給於通風報信，這也是為什麼倭寇能在中國橫行自如，打得官軍屢屢丟盔棄甲，而官軍對於海盜的行動完全無法掌握，處於極度被動的局面。

明嘉靖年間的倭寇入侵，是由禁海造成的底層民眾和利益商人互相捆綁，參與的反禁海行為，主要還是當權者政策失當釀成的社會苦果。