隨時隨地生活在危險的環境裡，生活上和心理上的壓力，對一個成長中少年的性格塑造影響很大。秦王政強烈的不安全感和好猜疑的個性，可能是在這段期間養成的。回到秦國以後，雖曾以王儲的身份，度過了一段還算不錯的日子，但孝莊襄王去世後，幼年的秦王政，又必須面對一種新的嚴厲挑戰。

十三歲登上了秦王寶座，其實政治大權仍掌握在宰相呂不韋及太后的手中，少年的秦王政不過是個傀偏君王而已。早年的患難，使秦王政顯得比一般少年君王老成得多，他非常不喜歡呂不韋及太后過分華麗及虛偽的政風，因此對當時執政的外籍政團也沒有什麼好感。秦王政身材高大，外貌雄偉，成人後的秦王政據說身高八尺餘（約一入五公分），承繼了嬴氏一族的武勇風格。由於他沒有絲毫公子哥兒的習性，待人處世也頗有分寸，質樸無華，態度誠懇認真，因此很得失意中的本土派領袖尊重，逐漸在秦王室中形成一股特殊的力量，與呂不韋的外籍政團相抗衡。

其實，以軍事武裝力量而言，呂不韋及太后除了禁衛軍外，是掌握不到任何軍事力量的。但只要名譽領袖秦王政不表意見，本土派領袖也不敢有具體的反抗行動。幸好年輕的君王對自己的母后及外籍政團均不表好感，因此很快成為本土派領袖的新希望，秦王政少年老成的謙恭態度更讓這些武人又愛憐又心服，決心忍耐到底，等到君王長成後，能為他盡忠效勞。

在本土派領袖的擁護下，隨著年齡的增長，秦王政漸漸擁有相當的實權。雖然他對太后及呂不韋仍保持相當敬意，但對在外籍政團主導下秦王室的虛浮淫靡風氣相當不滿，終於以長信候燧班事件為導火線，發動一場流血政變。

嫪毒表面上是太監，其實是太后的情夫，他依賴太后及呂不韋的勢力為非作歹，引發了內宮不少的風風雨雨。秦王政自然也有風聞，但他表面不作任何表示，暗中則策劃著清除宮廷汙穢風氣的行動。秦王政九年，少年君主已長成二十二歲的年輕人了，在本土派軍團及其領袖支援下，秦王政發動政變，首先擊潰嫪毒的個人軍團，並控制住禁衛軍，接著罷黜宰相呂不韋，連太后也遭到了軟禁。

在這次流血政變中，秦王政將打擊面縮到了最小，除了嫪毒的親人及親信處死、太后及呂不韋遭到軟禁外，其餘掌握中央決策工作的外籍政團，並未受到立即的影響。這次事件能迅速地平服，流血範圍也不見擴大，都得之於秦王政行事的老練。

掌握實權後不久，在本土派領袖的催促下，秦王政頒發了《逐客令》，希望以和平手段，結束外籍政團對秦國的影響力。但由於李斯上書《諫逐客令》，絕對合理思考的秦王政很快發現了自己的錯誤，立刻取消《逐客令》，並且不顧本土派軍團領袖的反對，再度重用李斯及其外籍政團，展開了統一天下的大行動。