冥王神話ND的主要內容分為兩條線索：第一條線索是現實世界的1990年，星矢被冥王之劍刺中心臟，只剩下三天的生命，沙織為了挽救星矢，準備穿越到243年前的聖戰時代，毀掉冥王劍。沙織與仙女座的瞬一同跳入時間之神的時空之湖，而鳳凰座一輝也再次出現，為保護瞬也帶著雅典娜的花環穿越。而不料月亮女神派出了天鬥士鬥馬前來刺殺星矢，被莎爾娜、冰河阻止。冰河找到五老峰的紫龍，準備追上沙織，二人也來到了前聖戰時代。

接下來就是漫畫的第二條主線，也就是前聖戰時代，前教皇白羊座史昂和天秤座童虎那個聖戰的時代。史昂和童虎在第一話當中，被教皇從青銅聖鬥士提拔為黃金聖鬥士。二人準備前往刺殺冥王的附體肉身亞倫，被天馬座的天馬打斷。接著又遇到了天馬的師父、原巨爵座白銀聖鬥士的水鏡。水鏡原是史昂、童虎的摯友，不知何故變成了冥界三巨頭的天雄星。亞倫在潘多拉蠱惑下，拔出了冥王劍，變成了冥王。

穿越之後的沙織變成了嬰兒降生於雅典娜神像之下，不料教皇竟然準備刺殺，關鍵時刻被處女座的釋靜摩所救。釋靜摩被已經背叛的雙魚座卡迪納爾追殺，在教皇廳陷入教皇所佈的諸神之迷宮。而水鏡也帶著小隊進攻聖域，接連打敗了白羊座史昂、金牛座奧克斯，在雙子宮中了雙子座弟弟亞伯的幻朧魔皇拳。在天馬和瞬的幫助下，接連闖過了巨蟹宮、獅子宮、處女宮，在處女宮的雙樹園下，水鏡用花瓣告訴了釋靜摩第十三位黃金聖鬥士蛇夫座即將復活的重要情報。在童虎鎮守的天秤宮，紫龍穿越而來，與之一搏後，童虎承認了紫龍。

但與水鏡的一戰，水鏡犧牲。與此同時，一輝來到雙子宮，被雙子座哥哥該隱擊敗，在巨蟹宮下的黃泉比良坂，一輝和貌似叛變的巨蟹座迪斯托爾遭遇冥界三巨頭之一的天貴星獅鷲維梅爾。二人聯手將維梅爾擊敗後，一同前往獅子宮。在教皇廳被困的釋靜摩被長成小女孩的沙織所救，擊退了雙魚座卡迪納爾。此時的聖域被黑暗力量籠罩，尤其是蛇夫座的蛇來到了聖域，而冥王軍主力還在哈迪斯城。真正的聖戰才剛剛拉開序幕，漫畫到此為止沒有更新下去，當中埋了很多伏筆和懸念。