皇太極在位時獨寵海蘭珠，即孝莊的姐姐，儘管海蘭珠比孝莊要晚嫁給皇太極9年，並且嫁給皇太極時已經26歲，但皇太極即位稱帝后，海蘭珠的地位在五宮中位居第二，為關雎宮宸妃，僅次於她的姑母孝端文皇后哲哲。

海蘭珠生前曾生有一個兒子，皇太極欣喜若狂，大赦天下，暗含繼承人之意，不過這個孩子不幸早夭了，而在1641年，海蘭珠也撒手人寰了。

當時皇太極正在錦州與明軍廝殺，得到海蘭珠病重的訊息時，皇太極快馬加鞭，連夜拔營，往皇宮趕，但還是遲了一步，據史記載，皇太極因海蘭珠的病逝還曾幾次悲痛過度而昏迷過去。

而孝端文皇后只為皇太極生有三個女兒，孝莊則生育有三女一子，1643年，皇太極在盛京後宮猝死，彼時皇太極還沒有冊立繼承人，朝中暗藏洶湧，孝莊則趁機拉攏了多爾袞。

多爾袞與皇太極之間的關係是非常微妙的，雖然皇太極在位時多爾袞立下赫赫戰功，但其實還是受到了皇太極的限制，皇太極是一個有謀略的皇帝，他還未稱帝前，後金天命十一年（1626年），努爾哈赤因毒瘡發作突然離世，卻還沒有定下繼承人。

皇太極則帶著幾個大貝勒闖入多爾袞母親阿巴亥的後宮，逼其殉葬，以此牽制了競爭對手代善，並且控制了阿巴亥的三個兒子，當時多爾袞還只有15歲，十年後皇太極即皇帝位，卻依然沒有禮待已逝的阿巴亥。

由此也可以知道，即使皇太極突然離世，多爾袞毅然稱帝，勝算並不是很大，彼時皇太極的長子豪格也有著很高的勢力，因此孝莊與多爾袞合作其實也就是各求所需，一拍即合。

多爾袞可透過控制年幼的皇帝把持朝政，是高高在上的攝政王。而孝莊是個有野心的女人，她清楚多爾袞不會活太久，順治帝年幼，還有時間長大，當然，世事無常，有著諸多變故。

年輕的順治帝並不能夠理解孝莊的抱負，母子倆的關係並不和睦，相比之下，孝莊太后對玄燁更為滿意，因此用心培育。順治帝早逝，玄燁8歲即位，為康熙帝，孝莊太后對康熙帝的影響還是非常大的。

康熙二十六年（1687年），孝莊太后病倒了，康熙帝是晝夜不離左右，親奉湯藥，並且率領著王公大臣為祖母祈告，願折損自己的生命，增延祖母的壽數，令眾人無比感動。

不過孝莊太后最終還是離世了，然而對孝莊太后格外的康熙帝卻將孝莊停屍37年，這是為何？據史載，康熙帝是根據孝莊的遺願，因此沒有運往盛京與皇太極合葬，而是暫安在京東清東陵，還將孝莊生前居住的慈寧宮東王殿五間拆建於昌瑞山下，稱“暫安奉殿”，將孝莊停屍其中，那孝莊的“遺囑”究竟寫了什麼？

臨終前，孝莊對康熙留下遺囑，道：“

宗文皇帝梓宮安奉已久，卑不動尊，此時未便合葬。若別起塋域，未免勞民動眾，究非合葬之義。我心戀汝父子，不忍遠去，務必於遵化安厝，我心無憾矣。”

這話的意思是皇太極的陵墓已經安葬已久，不必再因她勞民動眾，並且孝莊捨不得順治、康熙父子，因此將她葬在順治陵墓的旁邊就可以了。

然而卻因為孝莊不願與皇太極合葬，不少人猜測孝莊曾下嫁多爾袞，以保住順治帝的皇位，但這終究只是猜想，不過順治即位，作為攝政王的多爾袞確實呼風喚雨過好幾年，另外多爾袞與自己的兩個親哥哥不同，竟沒有生育一個兒子，但根據玉蝶和其他史料記錄，多爾袞至少有7位福晉和4位妾室，也讓人生出諸多猜想。

但根據清朝早期的葬制，皇后都是要和皇帝合葬的，而康熙帝生前未能處理孝莊下葬的問題，一直到雍正三年，雍正帝將奉殿改為昭西陵，把曾祖母下葬了。