多爾袞在爭奪帝位失敗後，便一心一意地輔佐幼帝順治。在他的政治生涯中，最濃墨重彩的一筆便是實現了努爾哈赤與皇太極兩代帝王的終生志願：入主山海關。

順治元年四月，李自成攻佔北京城的軍報便傳到了盛京。多爾袞急召智囊范文程等人商議決策。四月初九，攝政睿親王多爾袞領大將軍印，統率14萬大軍直奔山海關，南下中原。

經過數日激戰，多爾袞取得山海關大捷後，在山海關東威元堡誘降前往乞師的明總兵吳三桂，合兵大敗李自成大順軍。其後，多爾袞便以吳三桂部為先導，率領八旗鐵騎揮師南下，嚮明朝的首都北京進發。一路上幾乎沒有遭到明朝軍隊有力抵抗的八旗軍此時更是勢如破竹，長驅直入，所到之處望風歸降，奉表稱臣。明朝官吏本應“食君之祿，分君之憂”，可真到了山河破碎的時候，便暴露出人性最醜陋的一面——樹倒猢猻散，大難臨頭各自飛。

五月初二，多爾袞率領清軍從朝陽門進北京城，佔領京師。隨後，欣喜若狂的多爾袞便急切地進入紫禁城，臨武英殿御政。他御政過程中的一件大事，就是定都問題。攝政睿親王多爾袞隨即向順治皇帝建議遷都北京，但英郡王阿濟格以“初得遼東，不行殺戮，故清人多為遼民所殺。今宜乘此兵威，大肆屠戮，留置諸王，以鎮燕都。而大兵則或還守瀋陽，或退保山海，可無後患”為由，表示反對。然而，多爾袞卻以太宗皇太極的臨終遺言應對其胞兄（史載太宗遺言為“先皇帝嘗言，若得北京，當即徙都，以圖進取”），隨即又以“況今人心未定，不可棄而東還”為由，說服眾人。年僅7歲的“傀儡”皇帝順治，自然採納多爾袞的意見，遷都北京。

父祖兩代經過28年奮爭而未能實現遷都燕京的夙願，卻在子孫福臨統治時期得以實現，不能不視為攝政王多爾袞的輔弼之功。順治皇帝在多爾袞的輔佐下，“入關定鼎，奄有區夏”。

遷都後，在攝政睿親王多爾袞的主持下，清廷制定了“先攻農民軍，後滅南明政權，聯合漢族投降勢力，以漢治漢”的方略。六月，多爾袞分遣部將連下山東、河南、山西、天津等省，以拱衛京畿地區。

他又修書一封規勸南明兵部尚書、大學士史可法投降清朝，削藩稱臣。十月，順治皇帝為表彰多爾袞忠君體國，國扶社稷，專心王事之功而親封他為“叔父攝政王”。隨後，清廷命阿濟格為靖遠大將軍、多鐸為定國大將軍，合擊大順軍於陝西。

順治二年三月，多爾袞命令多鐸分兵三路南下江淮。四月豫親王多鐸所率大軍攻佔揚州，史可法拒絕投降被殺，清兵對城內人民持續進行了十天的大屠殺，史稱“揚州十日”。五月，多爾袞因指揮清軍佔領南京，俘虜弘光帝朱由崧，被晉封“皇叔父攝政王”。同年六月，清廷強制推行六六弊政之一的“剃髮令”，激起了江南各地民眾的激烈反抗，多爾袞派兵鎮壓。閏六月，清廷又命明朝降將的兵部尚書洪承疇經略江南及粵、贛、閩、湖廣、雲貴等地，旋即以攻撫之策相繼平定江南。次年十一月，豪格率軍在四川西充的鳳凰山射殺了大西農民軍的首領張獻忠。至此，風起雲湧的明末農民大起義被剿殺。

擺在多爾袞面前的還有一件亟待解決的重大難題，即怎樣管理這一幅員遼闊、人口眾多的泱泱大國。原來的清政權土地面積狹小，人口不多。入關後，滿族人的數量和漢族人相比根本不值一提。顯然原來的大清政權機構還無法有效地管理這個龐大的帝國。

這件事並沒有難住這位能幹的攝政王，他一邊指揮大軍平定天下，一邊還草擬清政府的各項典制規章，建立健全各個機構。他採取了模仿明朝舊例的辦法，仍然用漢族人管理漢族人。

順治元年（1644年）五月初三，進京第二天，多爾袞即公告天下，仍然使用原來各衙門的明朝舊官員。初六，他又下命令滿官和明朝舊官一起辦理公務，同心協力。六月初二，由於馮銓、洪承疇的建議，多爾袞照搬明朝舊有體制，由內三院行使內閣職權，但明代時內閣高於六部，到了多爾袞時期內閣職權已大大不如從前。同時，多爾袞還允許按照明律審查案件，問罪定刑。九月，編成《大清律》，基本上是照搬《大明律》而來。

順治三年（1646年），吏科給事中向玉軒對沒有漢族人尚書十分不滿，多爾袞聽說後很生氣憤，處分了向玉軒順治五年（1648年）七月，多爾袞下令六部必須各設一個漢族人為尚書，這算是滿漢復職制，其目的顯然是要收買漢族人之心。

清朝的地方官制與明朝相差無幾，此時的總督、巡撫等多是從東北隨清入關的漢族人。

多爾袞在效仿明朝體制時始終牢記清祖的傳統和滿洲利益，並不是生搬硬套，全盤接受。議政王大臣會議顯然是八大貝勒議政的殘餘，這時仍然是雄踞於各種機構之上。另外，不管多爾袞如何提倡“滿漢一家”，他在處理國務中還是以“尊滿”為首要原則。

多爾袞的策略非常成功，許多漢官和滿洲貴族一樣盡心盡力地為他效力，奮戰沙場，為有清一代的繁榮興盛奠定了紮實的基礎。

順治四年七月，濟爾哈朗被罷輔政之職，自此直到多爾袞去世的順治七年十二月初，大清國政都由“皇叔父攝政王”多爾袞一人獨攬，乾綱獨斷。

多爾袞既不斷提高自己的勢力，又連續肅清政亂，打擊異己勢力。

肅親王豪格和多爾袞原有舊仇，但懾於多爾袞翻雲覆雨一手遮天的權勢，他也是有怒不敢發，有言不敢出。雖然豪格為清入關屢建軍功，但仍未能逃出多爾袞的魔爪。順治五年（1648年）三月，多爾袞找茬將豪格囚禁起來。沒多久，便傳出豪格死去的訊息，死因不明。不長時間以後，漂亮的肅親王妃便被多爾袞娶到府中。

鄭親王濟爾哈朗是多爾袞壓制的另一物件。濟爾哈朗雖手中沒有權力，但權勢越來越重的多爾袞卻並不感到滿足。多爾袞認為濟爾哈朗只是表面上臣服，不可信任，因而不斷地給這位老資格的王爺出難題。順治四年（1647年），濟爾哈朗的輔政之位也被多爾袞罷免了。順治五年（1648年），多爾袞借濟爾哈朗的幾個侄子一起告發叔叔的罪狀的機會將濟爾哈朗貶為多羅郡王。後來濟爾哈朗雖然又被恢復了親王爵位，但地位已遠不如昔，直到多爾袞死後他才得以翻身。

豪格和濟爾哈朗這兩位親王一是反對派領袖，一是中間派代表。他們遭遇還如此悲慘，就更不用說其他人的遭遇了。沒有人敢對多爾袞不言聽計從！當然，多爾袞也很留心從八旗貴族中精挑一批年輕人對他們寵幸有加，形成自己的勢力集團，以加強統治。

這樣，多爾袞緊握朝中大權，小皇帝福臨不過是個傀儡。順治七年十一月，多爾袞出獵古北口外，行獵時墜馬跌傷，醫治不及時，病情急轉直下。十二月初九日，多爾袞病卒於喀喇城，時年39歲。靈樞運回北京，順治皇帝誼尊他為“懋德修遠廣業定功安民立政誠敬義皇帝”，廟號成宗，多爾袞的葬禮依照皇帝的規格舉行。

次年正月，多爾袞的貼身侍衛蘇克薩哈向順治皇帝遞上一封檢舉信，揭發多爾袞生前曾與黨羽密謀，企圖率兩白旗移師駐紮永平，“陰謀篡奪”。此時，年僅13歲的順治皇帝終於擺脫了皇父攝政王多爾袞的控制而第一次親理國政。7年的傀儡生涯，他韜光養晦，時刻砥礪自己，最終玉汝於成，磨鍊出了過人的膽識和才幹。他也利用這一契機，迅速召集王爺、大臣密議，公佈鄭親王濟爾哈朗等的奏摺，抖數多爾袞的罪狀，主要是“顯有悖逆之心”。少年天子福臨向諸位王爺宣告說：“多爾袞謀逆都是事實。”

不久，順治就宣佈了多爾袞的十大罪狀，並下詔追論多爾袞生前“謀逆罪”。籍其家產，罷其封爵，撤其廟享，誅其黨羽。