後燕光始元年（401年），慕容熙當了後燕皇帝，長平信都（今河北冀縣）人馮跋躲進了深山老林，他經常派人下山打聽後燕的訊息。後來聽說後燕賦役繁重，民不聊生，便對弟弟說：“慕容熙暴虐無道，又欺負我們弟兄，我們不能坐以待斃，應當見機行事，建立公侯大業。如不成功，我們也死而無憾。”於是和二弟坐上車子，讓一位婦人駕車掩護他們潛回龍城（今遼寧朝陽），藏在北部司馬孫護的家裡。光始七年（407年）七月，慕容熙出城為皇后苻氏送葬，馮跋乘機關閉城門，發動政變，推高雲為首領，然後派人把躲在龍騰苑裡的慕容熙抓起來殺掉。

高雲雖被推為北燕王，但只是一個空架子，什麼事情都由馮跋弟兄們做主，高雲不滿，暗地裡糾集了一些大力士，以便對付馮跋弟兄。高雲大臣離班、桃仁負責禁衛軍，因高雲無法滿足他們永無止境的欲壑，便於正始三年（409年）十月殺害高雲。馮跋正在弘光門觀察形勢，帳下督張泰、李桑說：“這兩個傢伙想幹什麼！讓我們替你斬了。”隨即提劍下去把離班、桃仁殺掉，馮跋順順當當地在昌黎（今遼寧義縣）即天王位，史稱北燕。馮跋將妻子孫氏立為王后，兒子馮永立為太子，兄弟侄子馮素弗、孫護等均分居要職。

萬泥和乳陳二人自以為是宗室，協助馮跋殺慕容熙立過大功，馮跋即位後應該把他們請到昌黎，委以重任，但馮跋考慮到幽、平、並、青四州是軍事重鎮，不能輕易換人，所以仍讓他們鎮守原地，二人不滿，便在太平二年（410年）十二月發動叛亂，不久就被馮跋平定下去。

馮跋在位時，特別注重政府的清廉，即位不久就下令全部廢除後燕的苛政，明確規定官吏不得侵害百姓，並讓蘭臺都官隨時檢查。李訓在慕容熙失敗時曾從後燕的國庫裡偷了數以萬計的金銀財寶，然後向北燕吏部尚書馬弗勤行賄，被馬弗勤提拔為方略令。馮跋知道這件事情後，除把馬弗勤狠狠訓了一頓外，又把李訓殺掉，並下令嚴禁行賄受賄。從此以後，北燕行賄受賄的事情極少發生。馮跋深知選拔和培養人才對治理國家的重要性，即位以後，提拔了德 才兼備的郝越、張買成、周刁、溫建德、何纂等人。又建了一所太學，選拔二千石以下官吏的子弟人學學習，任命長樂劉軒、營丘張熾、成周翟崇當博士郎中，管理太學。

馮跋執政時，北方的柔然正在興起。北燕太平三年（411年）七月，柔然汗斛律派人向馮跋求親，想把馮跋的女兒樂浪公主娶為妻子。當時北燕的大臣或多或少都有狹隘的民族偏見，對馮跋說：“按照過去的規矩，只能將宗室的女兒嫁給少數民族，我們應當把妃嬪的女兒嫁給斛律。如果把樂浪公主嫁給斛律，我們北燕不是太掉架子了嗎！況且，柔然距我們很遠，樂浪公主怎能受得了顛簸呢？”馮跋苦口婆心地對他們說：“女人出嫁隨從丈夫，千里也不算遙遠。我現在正想在柔然中樹立威信，怎能把妃嬪的女兒說成樂浪公主欺騙他們呢？”於是派遊擊將軍秦都率領兩千名騎兵把樂浪公主送給斛律。太平六年（414年），斛律被他的弟弟大但趕下汗位，全家跑到北燕，馮跋隆重接待了他們，並把斛律的女兒接到後宮，封為昭儀。同年五月，斛律要求回到塞北恢復汗位，馮跋對他說：“這裡距柔然太遠，你又沒有人迎接，如果我派大軍護送你，運輸糧食很成問題，如果派人太少，你又不可能奪取汗位。”後在斛律的一再要求下，馮跋只好派單于前輔萬陵帶著三百名騎兵護送。萬陵害怕遠征，走到黑山就把斛律殺掉，跑了回來。

太平六年（414年），契丹、庫莫奚歸附了北燕，北魏拓拔嗣派於什門到北燕談判，馮跋乘機把他們扣留在北燕。太平十年（418年），太史令張穆勸馮跋放回於什門，馮跋正在猶豫之中，拓跋嗣東巡途中派兵攻打和龍（今遼寧朝陽），馮跋集中兵力防守，和龍才倖存下來，但一萬多燕民被魏搶走。

北燕太平二十一年（429年），馮跋身患重病，將次子馮翼立為太子，代管國事。馮跋妾宋氏想把自己生的兒子受居立為太子，便不讓馮翼和馮跋的其他兒子看望馮跋，只讓她的心腹中給事胡福一個人出入馮跋病室。

太平二十二年（430年）九月，馮跋已經奄奄一息，胡福神使鬼差似的把宋氏的陰謀告訴了馮跋弟弟馮弘，馮弘帶兵闖進馮跋病室。馮跋由於受驚，一會兒就斷了氣，諡號文成皇帝，廟號太祖。